เนื่องจากตามลักษณะของนินจาที่ได้ชื่อว่านินจาไม่เคยทิ้งร่องรอยอะไรไว้รวมถึงไม่กล่าวคุยโวเกี่ยวกับผลงานของตัวเอง ซึ่งทำให้ผลงานหรือชีวประวัติของนินจาถูกเก็บไว้เป็นความลับ ซึ่งเป็นการยากที่จะหาข้อเท็จจริงเกี่ยวกับนินจา ในตำนานหนึ่งได้มีการกล่าวถึงมินะโมะโตะ โนะ โยะชิซึเนะ ว่าได้มีเทนงูมาสอนวิชาให้มินะโมะโตะ โนะ โยะชิซึเนะะเพื่อฝึกฝนเป็นนินจา โดยในประวัติศาสตร์ได้มีกล่าวไว้ว่ามีพระภิกษุชาวจีนรูปหนึ่งมาสอนเกี่ยวกับตำราพิชัยสงครามให้แก่มินะโมะโตะ โนะ โยะชิซึเนะ
โทะงะคุเระ ริวได้กล่าวถึงนินจาในช่วงปลายยุคเฮอัง ไว้ว่านินจา ได้แบ่งออก เป็น 2 ฝ่ายหลัก คือ อิงะ และโคงะ ได้ร่วมต่อสู้กัน ซึ่งในนิยายหรือการ์ตูนจะกล่าวถึงการต่อสู้ระหว่างสองฝ่ายนี้
ในยุคคามะคุระ ได้มีประวัติศาสตร์กล่าวไว้ถึง คุซุโนะกิ มะซะชิเงะ ได้ใช้เทคนิคในการรบซึ่งมีลักษณะใกล้เคียงกับวิชานินจา ต่อมาในช่วง ยุคเซนโงะกุ (หรือที่รู้จักกันว่าเป็นยุคสงคราม) ไดเมียวที่มีชื่อเสียงทุกคนมีนินจาอยู่ภายใต้การปกครองสำหรับการเป็นสายลับลอบสืบข้อมูลของฝ่ายตรงข้าม ในยุคสงครามการรู้ข้อมูลและแผนการของฝ่ายข้าศึก จะทำให้มีชัยชนะเหนือกว่า ไดเมียวบางคนได้ถูกกล่าวว่าเป็นนินจาเอง ซะนะดะ ยุคิมุระ หัวหน้ากลุ่มซะนะดะ ได้ชื่อว่าเป็นกลุ่มนินจา หลังจากที่ซะนะดะ ยุคิมุระนำกลุ่มทหารเพียง 3,000 คนปกป้องปราสาท สู้กับกองทัพ 50,000 คนของโทะกุงะวะ ฮิเดะตะดะ
ในยุคเดียวกัน โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ได้มีการใช้นินจา จนท้ายที่สุดได้ชนะสงครามและตั้งตัวเป็นโชกุนของประเทศญี่ปุ่น มีการกล่าวถึงผลงานกลุ่มนินจา นำโดยฮัตโตะริ ฮันโซ หัวหน้ากลุ่มนินจาฝ่ายอิงะ เป็นผู้นำทางให้อิเอยาสุหลบหนีออกมาในช่องเขานาระภายหลังจากที่ลอบโจมตีทัพของ โอะดะ โนะบุนะงะ สงครามครั้งสุดท้ายที่มีการกล่าวถึงนินจา ในช่วงยุคของโชกุนโทะกุงะวะ คือสงครามกลางเมืองที่ชิมาบาระ ของกลุ่มชาวนาที่โกรธแค้นฝ่ายรัฐบาลที่เรียกเก็บภาษีแพง เมื่อสิ้นสุดสงครามนินจาเริ่มหมดหน้าที่ โดยนินจาบางคนได้มาเป็นโอะนิวะบังชู กลุ่มรักษาความปลอดภัยของปราสาทเอะโดะ ทำหน้าที่ปกป้องผู้ร้ายและขณะเดียวกันก็แอบสืบข้อมูลของไดเมียวคนอื่น นินจาคนอื่นจะเก็บตัวปลอมปนกับชาวนาโดยยังคงฝึกฝนตัวเองอยู่ตลอดเวลาเพื่อพร้อมที่จะได้ใช้วิชานินจาที่อาจจะมีสงครามเกิดขึ้น ในช่วงยุค 200 ปีหลังจากของตระกูลโทะกุงะวะ ไม่มีเหตุการณ์รุนแรงใดเกิดขึ้น ทำให้ไม่มีการสืบต่อวิชานินจา โดยมีการสืบต่อผ่านทางปากต่อปากและคนสนิทเท่านั้น
ในยุคเอโดะ นินจาได้เป็นที่นิยมในหนังสือและการแสดง วิชานินจาต่างๆ รวมทั้ง การล่องหน การกระโดดสูง การท่องมนต์นินจา และการเรียกกบยักษ์มาช่วยต่อสู้ ถูกสร้างขึ้นในยุคนี้สำหรับใช้ประกอบในการแสดง เพื่อความบันเทิง
